一、内设机构
1、办公室（加挂信息中心牌子）
组织协调机关日常工作，草拟重要文件，负责机关文电、机要以及重要会议和重大活动的组织工作；承担综合性调研，协调全局调研工作；负责全系统档案、信息、新闻、信访、统计工作。
２、人事教育科
负责全市系统的机构编制、人事管理、领导班子、工资、社会保险等管理工作；制订并组织系统教育培训和发展规划；指导系统基层建设和评选表彰工作；负责出国（境）人员的政审工作。
３、财务科
研究拟订财务监督管理的规章制度及措施；编制工商行政管理系统经费预算方案及审查决算方案；组织管理工商行政管理系统国有资产，监督管理下级工商行政管理部门及所属单位的财务活动。
４、监察室 ( 与直属机关党委办公室合署办公 )
负责本系统的监察、纪检和行风建设、廉政建设工作；负责机关和直属单位党群、计生、公医等工作。
5 、督察队
检查本级机关和所属单位及其工作人员贯彻执行上级决定、命令和完成工作任务的情况；检查执行国家工商总局和省工商局“六项禁令”和遵章守纪的情况，并现场纠正违纪违规行为；受理人民群众对工商行政管理机关及工作人员行政不作为、行政乱作为和工作作风存在问题的投诉，并进行调查处理；指导和协调全市工商行政管理系统的行政督察工作；制定督察工作有关制度，安排部署督察工作任务；对违纪行为及时予以纠正，对尚未构成犯罪的，提出处理意见，移交纪检监察部门；对构成犯罪的，建议纪检监察部门移交司法机关；组织、指导督察人员的教育和培训；受理对下级督察队所作的督察决定不服的单位和个人提出的申诉；承办局党组和上级督察队交办的其他督察事项。
6 、法规科
承担行政复议和行政诉讼案件的应诉有关工作；组织开展工商行政管理执法监督和听证工作；组织工商行政管理法律、法规宣传培训；组织实施执法责任制，指导本系统法制工作。
7 、经济检查科（挂打击传销办公室牌子并合署办公）
监督检查市场经营主体的交易行为；组织查处市场管理中发现的不正当竞争行为、流通领域走私贩私行为、传销和变相传销行为，以及其他经济违法违章行为；组织、指导、监督、协调本系统（含工商所）查处经济违法违章案件工作；研究制定本系统经济检查工作规章制度及措施；完成上级机关交办的其他工作。
8 、登记注册科
负责本局登记管辖的内资企业（含私营企业和其他经营单位）的注册登记，依照法规规定发布登记公告；指导全市企业登记注册工作；协调有关职能部门，贯彻落实个体私营经济发展政策。
9 、外商投资企业登记管理科
负责惠州市、惠城区人民政府及其授权部门批准设立的外商投资企业、外商投资企业分支机构，以及批准从事承包工程、承包、承包或受托经营管理等生产经营活动的外国（地区）企业的登记注册、监督管理（含年检）工作；负责商务部、中国银监委、中国证监委、中国保监委等部门及其派出机构审批的营业场所在惠州市的外商投资企业分支机构以及营业场所在惠州市的外国银行分行和外国保险公司分公司下设的分支机构的登记注册、监督管理（含年检）工作；负责指导惠阳、惠东、博罗、龙门县及大亚湾区的外商投资企业登记注册、监督管理工作并组织全市外商投资企业的年检工作；负责与相关职能部门的协调工作，贯彻落实国家外商投资企业的产业政策。
10 、企业监督管理科
负责管辖范围内企业和其他经营单位经营行为的监督管理工作，组织查处违反企业登记管理法律、法规的行为，查处无照经营；负责本局登记注册企业和经营单位的年检、验照工作；组织实施全市企业年检和个体工商户验照工作；指导全市企业监督管理工作；指导个体劳动者协会、私营企业协会工作。
11 、市场合同管理科
组织监督、管理各类市场和经纪人、经纪机构；组织指导对各类市场进行专项治理；组织对各类市场及各种商品展销活动的注册登记工作；指导协调工商所市场巡查工作；组织开展评选表彰文明市场活动；研究拟订合同监督管理规章制度，指导地方合同管理机关和业务主管部门的合同管理工作；组织实施合同行政监管，监制和推行合同示范文本，办理合同鉴证，调解合同争议，查处合同违法行为；组织管理动产抵押登记，组织监管拍卖行为。
12 、商标广告管理科
组织对商标和特殊标志的使用以及商标使用许可合同的监督管理；负责商标印制的监督管理工作，审批印制商标单位（不含印制烟草制品和人用药品商标业务），负责商标印制业务管理人员的培训和管理工作；组织查处商标侵权、假冒等违法行为；指导和监督管理商标代理机构和商标评估机构的工作；负责著名商标的推荐管理工作；依法负责广告经营资格登记工作；监督管理各类广告活动；依法查处虚假违法广告；指导广告行业组织的工作。
二、直属行政单位
1、经济检查支队
受理经济违法违章案件的举报；依法查处不正当竞争、走私贩私、制售假冒伪劣商品、传销和变相传销、商标侵权、违法广告、合同欺诈等违反工商行政管理法律、法规案件；研究拟定本单位查办经济违法违章案件各项规章制度和措施。
2、大亚湾分局和仲恺分局
负责辖区范围内从事生产经营活动的个体工商户、个人独资、合伙企业的登记注册工作；监督检查辖区内经营单位和经营者的经营行为；依法组织各类市场经营秩序的规范管理；组织查处市场中垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销等违法违章行为；受理辖区内消费者投诉，组织查处严重侵犯消费者合法权益案件；组织实施辖区内企业、个体工商户的合同行政监管，组织动产抵押物的登记；查处利用合同进行违法活动的行为；对辖区内商标实行管理，查处商标假冒、侵权行为；监督管理辖区内广告发布和广告经营活动，负责户外广告的登记初审。
三、事业单位
1、机关服务中心
负责协调和处理机关事务工作；负责机关接待、安全保卫、服装装备、车辆管理工作；负责机关房屋的基本建设、维修及物业管理。
2、消费者权益保护委员会（加挂12315投诉举报中心牌子）
主要负责受理本辖区消费者的投诉、举报，向消费者提供消费信息和咨询服务，参与有关行政部门对商品和服务的监督、检查，并对投诉事项进行调解，保护消费者合法权益。
四、社团
个体劳动者协会和私营企业协会
教育并组织个体劳动者、私营企业学习国家法律、法规和政策，进行思想政治教育、法制教育和职业道德教育，开展文明经营、优质服务活动；维护个体劳动者、私营企业的合法权益，反映个体劳动者、私营企业的合理意见和要求，提供法律咨询和服务；进行生产经营指导，提供信息服务，组织经验交流，帮助解决个体劳动者、私营企业生产经营中的问题；开展业务技术和经营管理培训，协助政府和有关部门做好对个体劳动者、私营企业的管理工作；发挥好党和政府联系个体劳动者、私营企业的桥梁和纽带作用，开展调查研究，向政府和有关部门反映个体私营经济的情况，为政府出台政策和立法提出建议。
